Sa présence au Liban, ainsi que celle de l'OLP, se termine avec l'invasion de ce pays par l'armée israélienne en 1982. Il trouvera un nouvel asile en Tunisie et continuera de mener son combat pour la reconnaissance de la Palestine. En 1988, Arafat renonce à la lutte armée contre Israël en même temps qu'il reconnaît cet Etat comme légitime. En septembre 1993, il reçoit, avec Itzak Rabin et Shimon Pérès, le prix Nobel pour avoir préparé la voie à la signature d’un accord de paix avec Israël. En 1996, Arafat est élu président de la nouvelle Autorité palestinienne. Cette autorité est née à la suite des accords d'Oslo, et elle jouit d'une autonomie limitée en Cisjordanie et dans la bande de Gaza. L'élection de Benyamin Netanyahou, en 1995, mettra un frein à l'application de ces accords, fait qu'Arafat ne cessera de dénoncer.